依離島建設條例第10條之1第6項規定,離島免稅購物商店設置之資格條件、申請程序、登記與變更、銷售一定金額或數量、銷售對象、通關程序、提貨管理及其他應遵行事項之辦法,由財政部訂定。財政部邀請國貿局、工業局、民航局、農委會、工總、商總、工商協進會,本縣、澎湖縣、連江縣區域立委及縣政府派員參加97年3月24日召開之「離島免稅購物商店設置管理辦法(草案)」研商會議。財政部說明,免稅購物商店商品引進及管理,保稅、免稅程序複雜,不同於一般買賣業,為免民間業者輕率投入、發生損失,資本額維持5千萬元。