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民國77年，金門縣仍屬實施戰地政務期間，縣之財政業務，仍由縣政府下設之財糧科掌理：科內分設財稅、糧政兩股辦事，置科長1員，股長2員，科員2員，辦事員1員，雇員1員，共7員。財糧科職掌財政籌措、公庫管理、稅務行政、基層金融管理、糧政、鹽政、物資調節、經濟檢查，及公營生產事業單位，包括酒廠、物資供應處、西園鹽場、金門電力公司、陶瓷廠、花崗石廠、港口檢查處、稅捐稽徵處之督導，舉凡民生所需，政府財用，市場調節，幾乎息息相關。
迨至民國81年11月7日本縣終止戰地政務，縣政回歸地方自治常態，縣政府依福建省政府81年11月5日訂定之「福建省金門縣連江縣實施地方自治綱要」第二十五條規定訂定之縣政府組織規程規定，財政科掌理財務行政、稅務行政、公庫、公產、公債、地方金融管理、糧鹽、燃料及其他有關財政等事項。依照上開修正組織規程之規定，縣政府之財政單位由「財糧科」修正為「財政科」，財政科下分為財務管理股、公有財產股，員額並未增加，仍置科長1員，股長2員，科員2人，辦事員1員，雇員1員，合計7員。民國84年2月，考量縣庫庫款支付與制度，與國家法令制度及台灣省各縣市作法不一，為革新財政制度，乃核定自民國84年7月1日起，實施庫款集中支付制度，以臨編組織增設「庫款支付股」一股，調用其他機關人員3人組成，股長一職由財管股長兼任。
民國88年1月25日總統令制定公布「地方制度法」，內政部依本法訂定之「地方行政機關組織準則」規定，縣政府之一級單位為局、室。乃於民國89年1月1日依「福建省金門縣政府組織自治條例」之規定財政科改制為「財政局」，下設財務管理、公有財產、庫款支付三課，並自民國93年8月起增設菸酒管理課，現置局長1員、專員1員、課長4員、課員3員、辦事員3員，共12員。執掌財務行政、公產、公債、庫款支付、公庫、地方金融管理、菸酒管理及督導金酒公司業務等財政有關事務。
民國102年1月18日「金門縣政府組織自治條例」修正，財政局正式改制為「財政處」，設有財務管理、公有財產、庫款支付、菸酒管理、投資發展共5科，分別掌理財務行政、公產、公債、庫款支付、公庫、地方金融管理、菸酒管理、非公用投資發展、及其他有關財政等事項。114年1月16日配合本府組織修編，投資發展科整併至產業發展處。
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